АБИТУРИЕНТУ   СТУДЕНТУ   ВЫПУСКНИКУ   СОТРУДНИКУ   РАСПИСАНИЯ


БИОЛОГИЧЕСКИЙ ФАКУЛЬТЕТ

ГЛАВНАЯ
НАШ ФАКУЛЬТЕТ
ПОСТУПЛЕНИЕ
ПЕРЕВОД И ВОССТАНОВЛЕНИЕ
ОБРАЗОВАНИЕ
Учебно-методическая комиссия
Бакалавриат
Магистратура
Аннотации элективных дисциплин
Аспирантура
Докторантура
Выпускникам 2017
Конкурсы и стипендии
Соц. пакет студента
Вопросы по справкам и документам
НАУКА
ЭТИЧЕСКИЙ КОМИТЕТ
ШКОЛЬНИКАМ И УЧИТЕЛЯМ
СТУДСОВЕТ
БИБЛИОТЕКА
ЭКСПЕРТНАЯ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬ
САЧОК
БЛОГ
ТРУДОУСТРОЙСТВО
АДМИНИСТРАЦИЯ
СВЕДЕНИЯ О СПбГУ
ЗЕЛЕНЫЙ КАМПУС

Авторизация
Запомнить меня на этом компьютере
  Забыли свой пароль?
 

Главная / Образование / Магистратура

Магистерские дипломы




Чеклярова Яна Владимировна

Квалификационная работа магистра: "Исследование структурного разнообразия мононуклеосом"

Аннотация: На сегодняшний день выявлен целый спектр механизмов контроля доступа генома, среди которых – структурная пластичность нуклеосом (Polach, Widom, 1995; Workman, Kingston, 1998; Hansen, 2002; Grigoryev,Woodcock, 2012), являющаяся, по всей видимости, ключевым механизмом на самых разных уровнях организации хроматина (Studitsky et al.,1997;Widom,1998; Poirier et al.,2008,2009). Среди факторов, оказывающих влияние на структуру хроматина, немаловажную роль отдают ионному окружению, главным образом, катионам,- их наличию, валентности и концентрации (Schwarz, Hancen, 1994;Hansen, 2002; Lamond et al., 2013). Однако о влиянии катионов на структуру непосредственно нуклеосом известно немного: принято считать, что при концентрациях одновалентных катионов от 30 до 300 мМ значительных изменений не происходит (van Holde, 1988), прямые и ясные данные о влиянии двухвалентных катионов на мононуклеосому отсутствуют. Использованный в данной работе подход основан на изучении структуры мононуклеосом, реконструированных в условиях in vitro путем анализа изображений, полученных методом атомно-силовой микроскопии (АСМ). Разработанный алгоритм анализа и классификации конформаций нуклеосом в различных ионных условиях, визуализированных методом АСМ ранее не был описан в литературе. Предварительный анализ всей совокупности данных (полученных при различных ионных условиях) выявил, что длина ДНК, взаимодействующей с гистоновым кором нуклеосомы, варьирует от 50 п.н. до 170 п.н., соответствуя 0,6 – 2 полным оборотам вокруг него. Также, по результатам анализа всей совокупности данных, обнаружено, что число оборотов ДНК вокруг гистоновой части мононуклеосом имеет тримодальное распределение. При этом наличие ионов Mg2+ приводило к смещению распределения и к стабилизации нуклеосом с большей длиной ДНК, взаимодействующей с гистоновым кором, и, соответственно, с большим число оборотов, сделанных ею. Результаты электрофоретического анализа фрагментов ДНК после обработки нуклеосом микрококковой нуклеазой подтвердили увеличение длины протектированной нуклеосомальной ДНК при добалении ионов Mg2+ , и соответствовали результатам, полученным при анализе АСМ - изображений.

Направление: Биология

Кафедра: Цитологии и Гистологии

Научный руководитель: к.б.н. Назаров Игорь Борисович

Дата защиты: 10-06-2014

Отзыв о магистранте:

Текст (.pdf)

Рецензент: Е.Р. Гагинская , доктор биологических наук

Рецензия: Работа Я.В. Чекляровой посвящена моделированию in vitro и исследованию мононуклеосом, сконструированных из ДНК и гистоновых белков в условиях разного ионного состава среды. Важность исследования не вызывает сомнений, поскольку роль структурной и пространственной организации хроматина в регуляции функционирования генома – актуальнейшая проблема, решаемая на стыке клеточной биологии, молекулярной генетики и биофизики. Несмотря на обширные многолетние исследования нуклеосом и их роли в структурной организации хроматина, окончательные представления о структуре нуклеосомы далеко не сформированы и, более того, они меняются довольно быстро (и часто), отчасти в свете исследований эпигенетических изменений ДНК и особенно гистоновых белков, составляющих коровую частицу нуклеосомы. Представляются устаревшими данные о стандартных размерах и составе нуклеосом, все больше и больше данных о динамичном их состоянии, опосредованном функциональным состоянием хроматина. Магистерская диссертация Яны Владимировны написана по традиционному плану. Помимо основного текста, она содержит список сокращений, список литературы, перечень лиц, которым автор благодарен за помощь и участие, а также дополнительно содержит Приложение, в котором размещены микрофотографии мононуклеосом, полученные с помощью атомно-силовой микроскопии, и расшифровка последовательности использованной для конструирования нуклеосом ДНК. Список литературы оформлен в соответствии с правилами ГОСТ и содержит 121 название. Во введении автор кратко излагает суть проблемы, обосновывает ее актуальность и в заключение указывает на важность исследования реконструированных в условиях in vitro мононуклеосом. Обзор литературы посвящен проблемам упаковки хроматина в ядре клеток эукариот, истории открытия и современным представлениям об организации нуклеосом и методам, которые используют для их изучения. Обзор написан очень хорошо, хорошо проиллюстрирован модифицированными автором иллюстрациями из оригинальных работ, наглядно демонстрирует эрудицию автора и способность ее критически рассматривать имеющиеся в литературе сведения. Я специально хочу отметить, что цель и задачи исследования Яна Владимировна сформулировала в конце раздела, посвященного обзору литературы. Это представляется логически оправданным, поскольку именно после ознакомления с современным состоянием проблемы становится ясным, что и какими способами еще следует изучать в этой области. И цель, и задачи сформулированы четко. В главе Материалы и методы содержится подробное описание всех примененных методик для экспериментальной подготовки ДНК и гистонов для реконструкции нуклеосом, ионнго состава сред и условий, в которых проводили эксперименты по реконструкции и пр. Полученные экспериментально из заданных компонентов (ДНК и гистоны) в разных условиях мононуклеосомы подвергали анализу с помощью атомно-силовой микроскопии. Очень подробно описаны метод атомно-силовой микроскопии, устройство атомно-силового микроскопа, методы анализа получаемых изображений с помощью специальных программ, особенности использованного программного обеспечения. Для целей исследования важным был использованный подход расщепления образцов свободной ДНК и ДНК в составе реконструированных нуклеосом микрококковой нуклеазой в ионных условиях, соответствовавших условиям их реконструкции. Подробно изложены методы статистической обработки результатов. Наглядная схема последовательных процедур экспериментальной работы помещена в начале главы. Результаты изложены четко, подробно и хорошо проиллюстрированы. Достоверность полученных данных не вызывает сомнений. Особенно ценным представляется использование атомно-силовой микроскопии и алгоритма, разработанного для классификации структурных вариантов визуализированных в микроскопе мононуклеосом и анализа изображений. Зная исходные параметры ДНК и белков, использованных для реконструкции нуклеосом, проанализировав длины намотанных на белки и свободных участков ДНК и число оборотов ДНК вокруг коровой частицы, Яна Владимировна показала, что от содержания в среде ионов Na+ и Mg++ зависит преимущественное формирование либо гексасом (140 мМ Na+, отсутствие Mg++), либо открытых октасом (12 мМ Na+, отсутствие Mg++), либо закрытых октасом (12 мМ Na+, 4мМ Mg++). Число оборотов ДНК вокруг гистоновой части мононуклеосомы варьировало от 0,6 до 2-х полных оборотов при длине накрученной ДНК от 50 п.н. до 170 п.н., при этом во всех трех условиях проведенных экспериментов присутствовали все три типа нуклеосом с преобладанием одного из них (либо гексасом, либо открытых октасом, либо закрытых октасом). На основании полученных результатов Яна Владимировна делает вывод о тримодальном распределении реконструированных нуклеосом по исследованным ею параметрам. По прочтении этого раздела у рецензента возник вопрос: На каком основании подбирались концентрации катионов в среде и почему не исследовали реконструкцию нуклеосом в среде с физиологическим содержанием катионов? Раздел Обсуждение написан хорошо. Автор рассматривает полученные результаты в свете имеющихся данных о строении нуклеосом, делает акцент на важности ионного состава среды для структурно-функционального состояния нуклеосом, обосновывает важность использования нуклеосом, реконструированных в заданных условиях среды из заданных компонентов, для исследования влияния ионного состава среды на их структуру, приходит к заключению, что каждая из возникающих конформаций нуклеосомы – «не просто переходная форма, а новые свойства нуклеосомы, играющие важную роль при выполнения конкретной задачи в процессах функционирования хроматина». Важно, что данные, полученные разными методами, вполне согласуются друг с другом. В конце магистерской диссертации сформулированы выводы, которые естественным образом отражают результаты экспериментальной работы и осмысление этих результатов. Выводы из работы адекватны ее содержанию, хотя сформулированы они не всегда удачно. В целом, выпускная квалификационная работа Яны Владимировны Чекляровой производит очень хорошее впечатление. Она написана хорошим языком, практически лишена опечаток, хорошо иллюстрирована. Мои замечания не многочисленны и, помимо приведенного при анализе главы «Результаты», носят, в общем, технический характер. 1. Как в обзоре литературы, так и во введении, порой (не часто) чужие данные излагаются без ссылок на сами работы авторов: Диссертант просто указывает фамилии авторов (если иностранных, то в транслитерации). Пример на стр. 7: «Аналогичные паттерны для хроматина наблюдал и Аарон Клуг…» (где? когда? – ссылки нет и в списке литературы эта работа не значится). То же самое можно сказать о Флемминге и некоторых других авторах. 2. В тексте ссылки на работу (фамилия, год), наверно, лучше было бы ставить в скобках сразу после фамилий исследователей, а не в конце описания содержаниях их работы. 3. Я.В. Чеклярова не злоупотребляет использованием иностранных терминов в русской транслитерации, все же кажется, что вместо «протектирования» без ущерба для смысла можно было бы употреблять «защита». 4. Название работы – исследование разнообразия – не точно отражает ее суть. Было бы правильнее назвать: «Исследование структурного разнообразия нуклеосом, реконструированных in vitro в условиях разного ионного состава среды». Важно, что это нуклеосомы с искусственно заданными параметрами ДНК и гистонов. Сделанные замечания не снижают достоинств рецензируемой работы. ЗАКЛЮЧЕНИЕ: Выпускная квалификационная работа Яны Владимировны Чекляровой «Исследование структурного разнообразия мононуклеосом» посвящена актуальной проблеме, выполнена на высоком научном уровне, хорошо и четко написана, содержит достоверные данные высокой научной значимости и заслуживает отличной оценки.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2011г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2012г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2013г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2014г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2015г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2016г.


контакты       карта сайта      почтовый сервер       управление      поддержка

199034, Санкт-Петербург, Университетская наб., 7-9
© Санкт-Петербургский государственный университет, 2006-2017