АБИТУРИЕНТУ   СТУДЕНТУ   ВЫПУСКНИКУ   СОТРУДНИКУ   РАСПИСАНИЯ


БИОЛОГИЧЕСКИЙ ФАКУЛЬТЕТ

ГЛАВНАЯ
НАШ ФАКУЛЬТЕТ
ПОСТУПЛЕНИЕ
ПЕРЕВОД И ВОССТАНОВЛЕНИЕ
ОБРАЗОВАНИЕ
Учебно-методическая комиссия
Бакалавриат
Магистратура
Аннотации элективных дисциплин
Аспирантура
Докторантура
Выпускникам 2017
Конкурсы и стипендии
Соц. пакет студента
Вопросы по справкам и документам
НАУКА
ЭТИЧЕСКИЙ КОМИТЕТ
ШКОЛЬНИКАМ И УЧИТЕЛЯМ
СТУДСОВЕТ
БИБЛИОТЕКА
ЭКСПЕРТНАЯ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬ
САЧОК
БЛОГ
ТРУДОУСТРОЙСТВО
АДМИНИСТРАЦИЯ
СВЕДЕНИЯ О СПбГУ
ЗЕЛЕНЫЙ КАМПУС

Авторизация
Запомнить меня на этом компьютере
  Забыли свой пароль?
 

Главная / Образование / Магистратура

Магистерские дипломы




Михеев Денис Юрьевич

Квалификационная работа магистра: "Тандемные повторы двух видов хомяков: собранный и несобранный геном"

Аннотация: Тандемно-повторяющиеся последовательности являются уникальным для эукариотических организмов классом последовательностей ДНК. Уникальность свойств – следствие их структурной организации: они состоят из многократно тандемно-повторяющихся (“голова-к-хвосту”) коротких мономеров. Содержание тандемных повторов в геноме у высших эукариот может достигать десятков процентов. Функциональное значение этого класса последовательностей изучено крайне слабо. Причиной этого является ограниченный арсенал методов их изучения. Тандемные повторы являются основными компонентами районов конститутивного гетерохроматина. В работе с помощью биоинформатических методов исследовались геномная сборка сирийского хомячка (Mesocricetus auratus) и три геномные сборки китайского хомячка (Cricetulus griseus). В сборке сирийского хомячка найдено 65 семейств больших тандемных повторов. Для четырех из них, сконструированы зонды для проведения флуоресцентной гибридизации in situ (FISH). С помощью FISH показана перицентромерная локализация на хромосомах. В геномных сборках китайского хомячка найдено: 66 (сборка Cgr1.0), 93 (сборка CriGri1.0) и 117 (сборка C_griseus_v_1.0) семейств больших тандемных повторов. Для четырех семейств сконструированы олигонуклеотидные зонды и с помощью FISH определена их локализация на хромосомах.

Направление: Биология

Кафедра: Цитологии и Гистологии

Научный руководитель: Д.И.Остромышенский

Дата защиты: 10-06-2014

Отзыв о магистранте:

Текст (.pdf)

Рецензент: А.В. Родионов

Рецензия: Магистерская диссертация Д.Ю. Михеева выполнена на стыке трех научных направлений – клеточной биологии, биоинформатики и эволюционной геномики. Это очень интересная, оригинальная, выполненная на высоком профессиональном уровне работа. Текст диссертации показывает, что Д.Ю. Михеев за время обучения по болонской системе в Университете освоил ряд методов биоинформатики, молекулярной генетики и цитогенетики и умеет их применять в практической научной деятельности. Замечания по работе носят частный характер: 1. Непонятно, почему препараты митотических хромосом делали из костного мозга, а не из лимфоцитов периферической крови, что дешевле, проще, и дает препараты хромосом несравненно более высокого качества.. 2. На стр. 17 автор следующим образом записывает цифры: «32,273,079 (для сборки GRCm38.p3) и 26,340,566 (для сборки MGSCv37)» (т.е., отсчитывая с правой стороны целого числа по 3 знака ставит запятую. Это нововведение в русское правописание, несомненно, облегчает прочтение многозначных цифр, однако противоречит общепринятым рутинным правилам отечественного правописания. 3. На стр. 17 – в примечании к таблице 3, по-видимому, ошибка. Написано: Примечание - Для сборок APMK и APMT в скобках указано количество больших ТП > 1т.п.н. ТП; все — общее количество ТП, найденных программой TRF Надо: Примечание - Для сборок APMK и APMT в скобках указано количество больших ТП > 3 т.п.н. ТП; все — общее количество ТП, найденных программой TRF На стр. 18. говорится, что максимальная длина поля повторов семейства MAU-BglII_M11, найденная в секвенированных сборках составляла 40 тыс.п.н. Не объяснит ли, многоуважаемый лиссертант, каким образом можно собрать последовательность длиной 40 тыс. п.н., состоящую из повтора с длиной повторяющейся единицы 48-49 п.н., если длина рида составляла 100 пн. ? Несомненно, вследствие случайных причин, в пуле секвенированных последовательностей может найтись некоторое множество обрывков ДНК, которые программа соберет в протяженный пазл, но, по-сутИ, это будет артефакт – продукт случая и эффект программы. На стр. 18 говорится, что у сирийского хомячка Mesocricetus auratus найдены «Несколько семейств больших ТП, с относительно высоким содержанием в геноме, показали высокое сходство с диспергированными повторами разных классов: ERV (MA-44A), L1 (MA-85A), B1 (MA-163A), Tc1 (MA-1501A).» - правильно ли я понимаю, что к классу ТП в этом случае отнесены и LINE (L1), и SINE (B1) повторы и эндогенные ретровирусы? В целом, выпускная квалификационная работа Дениса Юрьевича МИХЕЕВА «Тандемные повторы двух видов хомяков: поиск в несобранных геномах» заслуживает самой высокой оценки. Она интересно задумана, квалифицированно исполнена, на хорошем научном уроне обсуждена и хорошо написана. Выводы работы не вызывают у меня принципиальных возражений, они обоснованы полученными данными. Работа заслуживает оценки «отлично».

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2011г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2012г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2013г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2014г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2015г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2016г.


контакты       карта сайта      почтовый сервер       управление      поддержка

199034, Санкт-Петербург, Университетская наб., 7-9
© Санкт-Петербургский государственный университет, 2006-2017