Группа ученых Института цитологии и генетики Сибирского отделения РАН и Санкт-Петербургского государственного университета впервые полностью секвенировала ДНК птиц с помощью методов 3D-геномики.

Результаты исследования, которые опубликованы в журнале Nucleic Acids Research, позволят лучше понять способы пространственной укладки геномной ДНК и причины многих генетических заболеваний.
Как правило, генетический материал (молекулы ДНК) представлен в виде линейной последовательности нуклеотидов. Однако инновационные биохимические и биоинформатические методы позволили исследовать геном в трехмерном пространстве: в результате были обнаружены новые устойчивые единицы упаковки хроматина — ТАДы (топологически ассоциированные домены). ТАДы можно представить в виде районов, каждый из которых включает определенный набор генов и регулирующие их последовательности. Такие домены эволюционно консервативны: во-первых, они возникают на одном и том же месте (топологически ассоциированы), а во-вторых, присутствуют в большинстве клеток многих организмов, включая человека. Сейчас генетики по всему миру продолжают исследование ТАДов у разных животных.

Так, ученые СПбГУ совместно с коллегами из Новосибирска впервые провели полногеномный анализ птицы, изучив архитектуру ДНК домашней курицы. Специалисты Института цитологии и генетики Сибирского отделения РАН собрали данные об архитектуре генома методами захвата конформации хроматина и секвенирования нового поколения (Hi-C) с последующим биоинформатическим анализом, а цитологи СПбГУ проверили достоверность и визуализировали эти результаты с помощью микроскопии (флуоресцентная situ-гибридизация).

Читать полностью...