Научные интересы:

Структура белка, белок-белковые взаимодействия, экстремофилы, амилоиды, прионы, растительно-микробные взаимодействия, механизмы вирулентности прокариот, симбиоз, частная генетика сахаромицетов, генетика бактерий, генетика растений, трансляция, вычислительная и теоретическая биология, структурная и функциональная протеомика, биоинформатика, геномика, транскриптомика, системная биология, хроматография, масс-спектрометрия, история биологии.

Читаемые курсы:

• Лекции по курсу «Презентация научных данных и искусство написания заявки на грант», шестой курс биологического факультета СПбГУ.

• Лекции по курсу «Современные методы генетики», четвертый курс биологического факультета СПбГУ.

• Семинар «Актуальные проблемы генетики», пятый курс биологического факультета СПбГУ.

• Семинар по курсу «Гены и геномы», пятый курс биологического факультета СПбГУ.

• Семинар по курсу «Общая генетика», второй курс биологического факультета СПбГУ.

Избранные публикации :

• Kosolapova A.O., Belousov M.V., Sulatsky M.I., Tsyganova A.V., Sulatskaya A.I., Bobylev A.G., Shtark O.Y., Tsyganov V.E., Volkov K.V., Zhukov V.A., Tikhonovich I.A., Nizhnikov A.A. RopB protein of Rhizobium leguminosarum bv. viciae adopts amyloid state during symbiotic interactions with pea (Pisum sativum L.) // Frontiers in Plant Science, 2022, V.13, e1014699.
• Shikov A.E., Belousova M.E., Belousov M.V., Nizhnikov A.A., Antonets K.S. Salmonella-based biorodenticides: past applications and current contradictions // International Journal of Molecular Sciences, 2022, V.23, e14595.
• Shikov A.E., Malovichko Y.V., Nizhnikov A.A., Antonets K.S. Current Methods for Recombination Detection in Bacteria // International Journal of Molecular Sciences. 2022, V.23, e6257.
• Yuzikhin O.S., Shaposhnikov A.I., Konnova T.A., Syrova D.S., Hamo H., Ermekkaliev T.S., Shevchenko V.P., Shevchenko K.V., Gogoleva N.E., Nizhnikov A.A., Safronova V.I., Kamnev A.A., Belimov A.A., Gogolev Y.V. Isolation and Characterization of 1-Hydroxy-2,6,6-trimethyl-4-oxo-2-cyclohexene-1-acetic Acid, a Metabolite in Bacterial Transformation of Abscisic Acid // Biomolecules. 2022, V.12, e1508.
• Shikov A.E., Malovichko Yu.V., Lobov A.A., Belousova M.E., Nizhnikov A.A., Antonets K.S. The distribution of several genomic virulence determinants does not corroborate the established serotyping classification of Bacillus thuringiensis // International Journal of Molecular Sciences, 2021, V.22, e2244. 
• Yuzikhin O.S., Gogoleva N.E., Shaposhnikov A.I., Konnova T.A., Osipova E.V., Syrova D.S., Ermakova E.A., Shevchenko V.P., Nagaev I.Yu., Shevchenko K.V., Myasoedov N.F., Safronova V.I., Shavarda A.L., Nizhnikov A.A., Belimov A.A., Gogolev Yu.V. Rhizosphere bacterium Rhodococcus sp. P1Y metabolizes abscisic acid to form dehydrovomifoliol // Biomolecules, 2021, V.11, e345. 
• Evdokimova O.L., Belousova M.E., Evdokimova A.V., Kusova T.V.,. Baranchikov A.E, Antonets K.S., Nizhnikov A.A., Agafonov A.V. Fast and simple approach for production of antibacterial nanocellulose/cuprous oxide hybrid films // Cellulose, 2021, V.28. 
• Kosolapova A.O., Antonets K.S., Belousov M.V., Nizhnikov A.A. Biological functions of prokaryotic amyloids in the interspecies interactions: facts and assumptions // International Journal of Molecular Sciences, 2020, V.21, e7240.
• Antonets K.S., Belousov M.V., Sulatskaya A.I., Belousova M.E., Kosolapova A.O., Sulatsky M.I., Andreeva E.A., Zykin P.A., Malovichko Y.V., Shtark O.Y., Lykholay A.N., Volkov K.V., Kuznetsova I.M., Turoverov K.K., Kochetkova E.Y., Bobylev A.G., Usachev K.S., Demidov O.N., Tikhonovich I.A., Nizhnikov A.A. Accumulation of storage proteins in plant seeds is mediated by amyloid formation // PLOS Biology, 2020, V.18(7), e3000564. https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3000564
• Malovichko Y.V., Shtark O.Y., Vasileva E.N., Nizhnikov A.A., Antonets K.S. Transcriptomic insights into mechanisms of early seed maturation in garden pea (Pisum sativum L.) // Cells, 2020, V.9, e779.
• Shikov A.E., Malovichko Y.V., Skitchenko R.K., Nizhnikov A.A., Antonets K.S. No more tears: mining sequencing data for novel Bt Cry toxins with CryProcessor // Toxins, 2020, V.12, e204.
• Kosolapova A.O., Belousov M.V., Sulatskaya A.I., Belousova M.E., Sulatsky M.I., Antonets K.S., Volkov K.V., Lykholay A.N., Shtark O.Y., Vasilieva E.N., Zhukov V.A., Ivanova A.N., Zykin P.A., Kuznetsova I.M., Turoverov K.K., Tikhonovich I.A., Nizhnikov A.A. Two Novel Amyloid Proteins, RopA and RopB, from the Root Nodule Bacterium Rhizobium leguminosarum // Biomolecules, 2019, V.9, e694.
• Sopova J.V., Koshel E.I., Belashova T.A., Zadorsky S.P., Sergeeva A.V., Siniukova V.A., Shenfeld A.A., Velizhanina M.E., Volkov K.V., Nizhnikov A.A., Kachkin D.V., Gaginskaya E.R., Galkin A.P., 2019. RNA-binding protein FXR1 is presented in rat brain in amyloid form // Scientific Reports, V.9, e18983. 
• Malovichko Y.V., Nizhnikov A.A., Antonets K.S. Repertoire of the Bacillus thuringiensis virulence factors unrelated to major classes of protein toxins and its role in specificity of host-pathogen interactions // Toxins, 2019, e11060347. 
• Malovichko Y.V., Antonets K.S., Maslova A.R., Andreeva E.A., Inge-Vechtomov S.G., Nizhnikov A.A. RNA Sequencing reveals specific transcriptomic signatures distinguishing effects of the [SWI+] prion and SWI1 deletion in yeast Saccharomyces cerevisiae // Genes, 2019, V.10, e212. 
• Antonets K.S., Belousov M.V., Belousova M.E., Nizhnikov A.A. The Gln3 transcriptional regulator of Saccharomyces cerevisiae manifests prion-like properties upon overproduction // Biochemistry (Moscow), 2019, V.84, P.441-451. 
• Antonets K.S., Kliver S.F., Nizhnikov A.A. Exploring proteins containing amyloidogenic regions in the proteomes of bacteria of the order Rhizobiales // Evolutionary Bioinformatics, 2018, V.14, P.1-12.
• Belousov M.V., Bondarev S.A., Kosolapova A.O., Antonets K.S., Sulatskaya A.I., Sulatsky M.I., Zhouravleva G.A., Kuznetsova I.M., Turoverov K.K., Nizhnikov A.A. M60-like metalloprotease domain of the Escherichia coli YghJ protein forms amyloid fibrils // PLOS One, 2018, V.13(1), e0191317.
• Ryzhova T.A., Sopova J.V., Zadorsky S.P., Siniukova V.A., Sergeeva A.V., Galkina S.A., Nizhnikov A.A., Shenfeld A.A., Volkov K.V., Galkin A.P. Screening for amyloid proteins in the yeast proteome // Current Genetics, 2018, V.64, P.469-478.
• Antonets K.S., Nizhnikov A.A. Predicting amyloidogenic proteins in the proteomes of plants // International Journal of Molecular Sciences, 2017, V.18, e2155.
• Antonets K.S., Nizhnikov A.A. Amyloids and prions in plants: facts and perspectives // Prion, 2017, V.11, P.300-312.
• Антонец К.С., Кливер С.Ф., Полев Д.Е., Шувалова А.Р., Андреева Е.А., Инге-Вечтомов С.Г., Нижников А.А. Различные механизмы фенотипических эффектов инактивации и прионизации белка Swi1 дрожжей Saccharomyces cerevisiae // Биохимия, 2017, Т. 82, №10, С. 1497-1509.
• Matveenko A.G., Drozdova P.B., Belousov M.V., Moskalenko S.E., Bondarev S.A., Barbitoff Y.A.,  Nizhnikov A.A., Zhouravleva G.A. SFP1-mediated prion-dependent lethality is caused by increased Sup35 aggregation and alleviated by Sis1 // Genes to Cells, 2016, V.21, P.1290–1308.
• Nizhnikov А.А., Ryzhova T.А., Volkov K.V.,  Zadorsky S.P., Sopova J.V., Inge-Vechtomov S.G., Galkin A.P. Interaction of prions causes heritable traits in Saccharomyces cerevisiae // PLOS Genetics, 2016, V.12, e1006504.
• Nizhnikov A.A., Antonets K.S., Bondarev S.A., Inge-Vechtomov S.G., Derkatch I.L. Prions, Amyloids, and RNA: Pieces of a Puzzle // Prion, 2016, V.10, P.1-25.
• Антонец К.С., Саргсян А.М., Нижников А.А. Q/N-обогащенный фрагмент Gln3, в отличие от полноразмерного белка, агрегирует при сверхпродукции в клетках Saccharomyces cerevisiae // Биохимия, 2016, Т.81, С.555-562.
• Антонец К.С., Волков К.В., Мальцева А.Л., Аршакян Л.М., Галкин А.П., Нижников А.А. Протеомный анализ белковых фракций бактерии Escherichia coli, устойчивых к солюбилизации ионными детергентами // Биохимия, 2016, Т.81, С.92-105.
• Нижников А.А., Антонец К.С., Инге-Вечтомов С.Г. Амилоиды: от патогенеза к функции // Биохимия, 2015 Т.80, С.1356-1375.
• Nizhnikov A.A., Alexandrov A.I., Ryzhova T.A., Mitkevich O.V., Dergalev A.A., Ter-Avanesyan M.D., Galkin A.P. Proteomic Screening for Amyloid Proteins // PLOS One, 2014, V.9(12), e116003.
• Nizhnikov A.A., Antonets K.S, Inge-Vechtomov S.G., Derkatch I.L. Modulation of efficiency of translation termination in Saccharomyces cerevisiae: turning nonsense into sense // Prion, 2014, V.8, P.247-260.
• Кондрашкина А.М., Антонец К.С., Галкин А.П., Нижников А.А. Прионоподобный детерминант [NSI+] Saccharomyces cerevisiae снижает экспрессию гена SUP45 // Молекулярная биология, 2014, Т.48, С.790-796.
• Antonets K.S., Nizhnikov A.A. SARP: a novel algorithm to assess compositional biases in protein sequences // Evolutionary Bioinformatics, 2013, V.9, P.263-273.
• Нижников А.А., Кондрашкина А.М., Галкин А.П. Взаимодействие прионоподобного детерминанта [NSI+] дрожжей Saccharomyces cerevisiae с генами SUP35 и VTS1 // Генетика, 2013, Т.49, С.1155-1164.
• Nizhnikov A.A., Magomedova Z.M., Rubel A.A., Kondrashkina A.M., Inge-Vechtomov S.G., Galkin A.P. [NSI+] determinant has a pleiotropic phenotypic manifestation that is modulated by SUP35, SUP45, and VTS1 genes // Current Genetics, 2012, V.58, P.35-47.
• Saifitdinova A.F., Nizhnikov A.A., Lada A.G., Rubel A.A., Magomedova Z.M., Ignatova V.V., Inge-Vechtomov S.G., Galkin A.P. [NSI+]: a novel non-Mendelian nonsense suppressor determinant in Saccharomyces cerevisiae // Current Genetics, 2010, V.56, P.467-478.

Награды и гранты:

• Лауреат Премии Правительства Российской Федерации в области науки и техники (Распоряжение Правительства РФ от 26 октября 2022 г. № 3179-р)

• Лауреат Премии Президента Российской Федерации в области науки и инноваций для молодых ученых (Указ Президента РФ от 08.02.2021 г. №75) 

• Руководитель гранта Российского научного фонда для исследовательских групп (конкурс 2020 г.)

• Руководитель гранта РФФИ для ведущих молодежных коллективов (конкурс 2020 г.)

• Премия им. Леонарда Эйлера Правительства Санкт-Петербурга и Санкт-Петербургского научного центра Российской академии за выдающиеся результаты в области науки и техники для молодых ученых (2017 г.)

• Руководитель гранта Российского научного фонда для исследовательских групп (конкурс 2017 г.)

• Руководитель гранта Президента Российской Федерации для государственной поддержки молодых российских ученых (конкурс 2017 г.)

• Медаль Российской академии наук для молодых ученых в области общей биологии (2016 г.)

• Руководитель гранта Президента Российской Федерации для государственной поддержки молодых российских ученых (конкурс 2015 г.)

• Медаль им. В.И. Корогодина в области генетики Общества «Биосфера и человечество» (2015 г.)

• Грамота Российской академии наук (2015 г.)

• Руководитель грантов РФФИ мол_а_дк (конкурс 2016 г.), мол_а (конкурс 2012 г.)

• Руководитель гранта ФЦП «Кадры», мероприятие 1.3.2 (конкурс 2012 г.)

• Многократный победитель конкурсов грантов Комитета по науке и высшей школе Правительства Санкт-Петербурга

• Медаль за победу во Всероссийском конкурсе исследовательских работ аспирантов и студентов (2012 г.)

• Стипендия Президента Российской Федерации (конкурс 2012 г.)

• Первая премия Санкт-Петербургского Общества естествоиспытателей за лучшую магистерскую диссертацию (2010 г.)