Трубицина Нина Павловна
Квалификационная работа магистра: "Влияние мутаций sup35 на свойства приона [PSI+] у дрожжей S. cerevisiae "
Аннотация: Белок Sup35, являющийся фактором терминации трансляции eRF3, у дрожжей Saccharomyces cerevisiae может присутствовать в клетке как в растворимой (функциональной) форме, так и в агрегированной, образуя прион [PSI+]. В последнем случае эффективность процесса терминации трансляции снижается, что способствует нонсенс-супрессии. Sup35p кодируется жизненноважным геном SUP35. В нашей лаборатории ранее были получены миссенс- и нонсенс-мутации sup35. Они характеризуются собственным нонсенс-супрессорным фенотипом. Нонсенс-мутации приводят к появлению укороченных фрагментов Sup35p наряду с полноразмерным.
Целью работы явилось изучение эффектов супрессорных мутаций в гене SUP35 на свойства приона [PSI+] у дрожжей S. cerevisiae. В задачи работы входило: изучение совместимости мутаций sup35 и приона [PSI+] в гаплоидных и диплоидных штаммах и изучение влияния мутаций sup35 на стабильность и свойства приона [PSI+] в диплоидных штаммах.
Полученные в ходе работы данные свидетельствуют о том, что мутации sup35-21 и sup35-218 несовместимы с прионом [PSI+] в гаплоидных штаммах. При этом жизнеспособность диплоидных штаммов, содержащих мутации sup35-21 и sup35-218 в присутствии приона [PSI+] зависит от способа получения этих штаммов (скрещиванием или трансформацией).
С помощью полуденатурирующего электрофореза в агарозном геле мы показали, что мутации sup35-74, sup35-218, sup35-228 и sup35-240 приводят к изменению свойств приона [PSI+] у диплоидных штаммов. В то же время они не влияют на размер агрегатов Sup35p в присутствии аллели дикого типа SUP35. Кроме того, аллель sup35-74 приводит к спонтанному образованию агрегатов Sup35p у диплоидных штаммов [psi-].
Направление: Биология
Кафедра: Генетики и Биотехнологии
Научный руководитель: д.б.н. Журавлева Г.А.
Отзыв научного руководителя
Нина Павловна Трубицина пришла в лабораторию физиологической генетики в 2010 году в середине своего второго курса и начала работу в группе, изучающей гены, кодирующие факторы терминации трансляции у дрожжей Saccharomyces cerevisiae. Она сразу активно включилась в работу лаборатории и начала осваивать необходимые для работы методы.
За время работы в лаборатории Нина Павловна зарекомендовала себя как инициативный, трудолюбивый, аккуратный и исполнительный сотрудник. За это время ею были успешно освоены различные генетические и молекулярно-биологические методы: трансформация дрожжевых и бактериальных клеток, выделение ДНК и белков, электрофорез в агарозном и полиакриламидном геле, рестрикция и конструирование рекомбинантных плазмид. Хорошее знание английского языка позволило ей изучить значительный объем литературы по тематике своей работы. Благодаря своим коммуникативным качествам Нина Павловна быстро влилась в коллектив нашей лаборатории.
Магистерская диссертация Нины Павловны посвящена исследованию синтетической летальности мутаций в гене SUP35 при их сочетании с вариантами приона [PSI+]. В рамках этого были получены новые данные о взаимодействии генетических и эпигенетических факторов, мутаций в гене SUP35 и наследственном детерминанте [PSI+], соответственно. Трубицина Н.П. является соавтором статьи, опубликованной в журнале «Молекулярная биология». Данные, полученные в ее работе, были представлены в виде стендовых сообщений на различных конференциях. Она принимает участие в выполнении российских грантов, таких, как РФФИ и НИР СПбГУ.
Нину характеризует серьезное отношение к работе и обсуждению полученных результатов; несомненно, что она обладает большим научным потенциалом, что поможет ей в выполнении дальнейшей научной работы.
Рецензент: к.б.н. Сопова Ю.В.
Рецензия
Магистерская диссертация Трубициной Нины Павловны “Влияние мутаций sup35 на свойства приона [PSI+] у дрожжей S.cerevisiae” представлена на 67 страницах машинописного текста и состоит из традиционных разделов ”Введение”, Обзор литературы”, ”Материалы и методы”, ”Результаты”, ”Обсуждение”, ”Выводы”, ”Список литературы”, ”Благодарности”. Список литературы содержит 162 работы, среди которых 9 на русском языке.
Раздел «Обзор литературы» представлен на 19 страницах и содержит 5 иллюстраций. В нем автор рассказывает о процессе трансляции у эукариот и факторах, влияющих на этот процесс, особое внимание уделяя процессу терминации трансляции.
К этому разделу у рецензента есть один вопрос: уточните, с какими именно «рибосомными АК остатками» взаимодействует консервативный, но не указанный в работе, АК остаток в позиции 123 белка eRF1 S.cerevisiae.
Раздел «Материалы и методы» представлен на 7 страницах, у рецензента есть ряд замечаний: следует более внимательно относиться к названиям штаммов, плазмид и фамилиям коллег, иначе возникает путаница; при описании методов должна соблюдаться последовательность действий; словосочетание «ледяной спирт» в биологии обычно не используется; ставить капиллярный перенос на пачке газет можно, но тогда нужно указывать, какие именно газеты нужно брать. К этому разделу у рецензента есть один вопрос – зачем после гибридизации красить мембрану в растворе Кумасси, если вся поверхность мембраны после гибридизации покрыта белками равномерно.
Раздел «Результаты» представлен на 14 страницах. К этому разделу у рецензента есть ряд вопросов и замечаний.
1. В подписи к фотографиям, иллюстрирующим нонсенс-супрессию, нужно указывать день роста
2. Как автор объясняет противоречие результатов по компенсации делеции гена SUP35 мутантными аллелями sup35-21, sup35-74 и sup35-228, при том, что штаммы а8-7А-Д832 и 7А-Д832 являются изогенными.
3. Сравнивал ли автор эффективность нонсенс-супрессии у диплоидов [PSI+] и [psi-], гетерозиготных по мутациям в гене SUP35? Если нет, тогда почему он считает, что «все мутации sup35 имеют доминантный супрессорный фенотип»?
4. На рисунке 14 штамм [PSI+] с мутацией sup35-21 растет на среде без аденина и на среде без гистидина хуже, чем штамм [psi-] с той же мутацией, это правда, или дефект иллюстрации?
5. На рисунке 18 штаммы [PSI+] растут на среде без урацила с той же эффективностью, что и на среде без лейцина, штаммы [psi-] растут на среде без лейцина, и не растут на среде без урацила. Подпись к рисунку гласит, что клетки штаммов потеряли лейциновую плазмиду.
6. На рисунке 22 фенотип штаммов после потери плазмид с мутантными аллелями sup35-218, sup35-228 и sup35-240 выглядит одинаково, хотя в тексте утверждается, что различия есть
Выводов в работе 4, все они соответствуют целям работы.
Несмотря на некоторую противоречивость полученных данных, работа представляет несомненный научный интерес, часть полученных результатов может стать потенциально перспективной в дальнейшей научной работе кафедры генетики и биотехнологии. С учетом большого объема проделанной работы и того, что большинство представленных результатов и их интерпретация не вызывают существенных возражений, выпускная квалификационная работа Н.П. Трубициной заслуживает оценки “отлично”.
Дата защиты: 17-06-2015
|
