Гончаров Никита Евгеньевич
Квалификационная работа магистра: "Получение и анализ интегративных мутантов Streptococcus pyogenes по гену SpeA"
Аннотация: Streptococcus pyogenes является уникальной бактерией, вызывающей широчайший спектр клинических манифестаций инфекции, наиболее значимыми из которых являются: тонзиллофарингит, скарлатина, васкулиты, рожистое воспаление, отиты, иммунопатологические процессы, ревматизм, острый гломерулонефрит, стрептококковый токсический шок, пневмонии и менингит. Отмечена тенденция к росту тяжелых форм инфекций - некротизирующего фасциита, миозита и сепсиса.
В связи с растущей актуальностью проблемы тяжелых стрептококковых инфекций, исследования биологических (в частности генетических) свойств стрептококков группы А представляются оправданными и востребованными.
Предпринимаются попытки экспериментально показать, что лизогенная конверсия определяет вирулентные характеристики стрептококков. Однако Streptococcus pyogenes является полилизогенной бактерией и оценить вклад конкретного вирусного гена в развитие бактериального инфекционного процесса бывает затруднительно. Одним из способов изучения влияния фаговых генов на биологические характеристики лизогена является инсерционный мутагенез.
Целью данной работы было получение мутантов с нокаутированным геном speA, кодирующим эритрогенный токсин, для последующей оценки изменения вирулентных характеристик мутанта.
В ходе выполнения работы на основе вектора pGEM-T Easy была сконструирована плазмида, содержащая ген speA, инактивированный вставкой гена устойчивости к канамицину. Проведена электротрансформация данной конструкцией двух вирулентных штаммов Streptococcus pyogenes, отнесенных к эпидемическому серотипу M49.
Получены канамицин-устойчивые клоны трансформантов изучаемого штамма, пригодные для дальнейшего генетического анализа и оценки их вирулентных характеристик.
Направление: Биология
Кафедра: Междисциплинарная программа "Общественное здоровье"
Научный руководитель: А.Н.Суворов, доктор биологических наук
Дата защиты: 22-06-2012
Отзыв о магистранте: Гончаров Никита Евгеньевич начал выполнять научно-исследовательскую работу в лаборатории патогенных микроорганизмов отдела молекулярной микробиологии НИИ экспериментальной медицины СЗО РАМН с 2009 года, будучи студентом третьего курса биолого-почвенного факультета Санкт-Петербургского Государственного Университета. Он активно включился в практическую работу, параллельно знакомясь с литературой по выбранной теме исследования. С первых дней работы в лаборатории Н.Е. Гончаров проявил себя как увлеченный и ответственный работник, успешно справляющийся с поставленными задачами. Областью научных интересов Никиты Евгеньевича является генетика фагово-опосредованных токсинов стрептококков группы А. Дипломная работа Н.Е. Гончарова посвящена созданию мутантов по гену эритрогенного токсина инвазивного штамма Streptococcus pyogenes с использованием интегративной плазмиды. В результате проведённой экспериментальной работы были получены рекомбинантные клоны стрептококков группы А с нокаутированным геном эритрогенного токсина, которые пригодны для дальнейшего изучения вклада данного токсина в формирование вирулентного фенотипа. В процессе выполнения исследования Гончаров Н.Е. приобрел навыки работы с микробиологическим материалом, освоил современные методы микробиологии и молекулярной биологии, в том числе методы работы с компьютерными базами данных и анализа нуклеотидных последовательностей. Не лишним будет отметить личные качества магистранта: спокойный, доброжелательный человек, легко находящий общий язык с окружающими. В будущем хотелось бы пожелать студенту большей самостоятельности при работе с научной литературой по предмету исследования, в анализе полученных результатов и дисциплинированности. Никита Евгеньевич поддерживает хорошие отношения с ее коллективом. Таким образом, Гончаров Н.Е. является знающим, увлеченным и ответственным молодым специалистом, работающим на современном научном уровне, заслуживающим присуждения ему ученой степени магистра биологии.
Рецензент: К.В.Квитко, доктор биологических наук
Рецензия: Актуальность исследования обусловлена тем, что, (как пишет автор во введении) «Гемолитические стрептококки группы А являются бактериями, вызывающими широчайший спектр инфекционных заболеваний человека», а ген speA, локализованный в геноме одного из профагов (T12) усиливает патогенные проявления бактерий. В результате, «штаммы, выделяемые от больных скарлатиной и ревматизмом, более часто содержат ген speA, чем культуры от бессимптомных носителей и больных другими формами СГА-инфекции».
Глава 2, обзор литературы (обзор, самонадеянно названный «Литературным!») в 16 параграфах излагает известное о вирулентности этой группы бактерий, о группах их бактериофагов и о значении последних в микроэволюции этих патогенов. Обращает на себя внимание малая доля русскоязычной литературы (8 из 43, причем половина – переводы англоязычной литературы). Нет в четверке отечественных публикаций статей и руководителя студента. Чем объяснить столь бедное пополнение этой части списка литературы? И в англоязычной части списка мне не бросились в глаза публикации отечественных предшественников данного исследования. В чем причина? Не работают, не пишут, не публикуют или не читаете? В целом, конкретные разделы обзора литературы основаны на современной, зарубежной практике.
Раздел третий. Целью данной работы было получение клонов Streptococcus pyogenes с нокаутированным геном speA, кодирующем токсин Дика, для дальнейшего изучения его вирулентных характеристик.
Для достижения этой цели были поставлены следующие задачи: 1.Подготовка препарата плазмиды, содержащей инактивированный ген speA; 2.Электротранс-формация штамма «9» S. pyogenes, несущих ген speA; 3. Селекция и генетический анализ полученных клонов с выключенным геном speA.
В четвертом разделе, в главе «Материалы и методы исследования».в 10 параграфах изложены методы и описан материал, изложение краткое, но информативное. Глава 5 – изложение цепи событий, приведших к получению штаммов, в которых был «накаутирован ген speA ». Выводы содержат утверждения, что данная задача выполнена. Данная операция проиллюстрирована тестами, доказывающими наличие вставки в изучаемый ген. Удивляет отсутствие количественных данных по генанлизу полученных химерных конструкций.
Какое число тестов, величины титров, насколько стабильны были новые генотипы?
Ведь предполагается дальнейшее использование этих химер. Генанализ изложен недостаточно или он не закончен?
По оформлению особых претензий нет. Были встречены несколько случаев пропуска слов и несогласованность окончаний.
Если ориентироваться на стандартную анкету из 8 вопросов, то оценки по этим пунктам будут следующими:
Заглавие соответствует поставленным задачам – 5
Цели и задачи работы сформулированы четко - 5
Качество обзора литературы – не более чем хорошо 4.
Методы изложены на 5.
Иллюстрации также заслуживают 5.
6,7, и 8,пункты из-за скудности изложнения так же заслуживают оценку хорошо.
Объем выполненных за два года экспериментов кажется несоразмерно малым.
С чем это связано?
Суммарную оценку без ответов на заданные вопросы я не берусь сформулировать.
Оценка:
|
