К одной из ключевых проблем современности, нашедшей отражение в конвенции Конференции ООН 1992 г. в Рио-де-Жанейро, относится сохранение биологического разнообразия. Вокруг проблемы сохранения биоразнообразия складывается широкая система международного сотрудничества, возникает необходимость подготовки специалистов, способных решать сложные вопросы комплекса мер, направленных на сохранение биоразнообразия.

В 1997 году Санкт-Петербургский государственный университет получил лицензию на образовательную деятельность по специальности 013100 – ЭКОЛОГИЯ. В соответствии с этой лицензией три факультета - биолого-почвенный, геологический, географии и геоэкологии - приступили к обучению студентов по новой специальности, ориентируясь при этом на специфический для каждого факультета круг проблем. Так, на геологическом факультете  появилась специализация «экологические риски и катастрофы», на факультете географии и геоэкологии студентов готовят по двум направлениям: «экологическая экспертиза» и «экологическая безопасность». На биолого-почвенном факультете было принято решение  о подготовке специалистов в области сохранения биоразнообразия. В итоге была создана новая образовательная программа «Биоразнообразие и охрана природы».

Динамичное развитие образовательного процесса в области экологи и осуществление научных исследований в течение более чем пятнадцати лет привело к формированию экологической научно-образовательной школы на биолого-почвенном факультете. В связи с этим в 2013 году решением Ученого совета Биолого-почвенного факультета была образована кафедра Прикладной экологии.  В состав кафедры вошли ведущие преподаватели и научные сотрудники факультета, занимающиеся экологической проблематикой.

В 2023 г коллектив отметил 10-летие кафедры. Коллектив кафедры в настоящее время насчитывает 18 сотрудников, из них – 2 доктора наук, 5 кандидатов наук, 2 старших научных сотрудника.