Кафедра зоологии беспозвоночных принимает участие в реализации учебных курсов разных программ и уровней обучения: в бакалавриате по программам «Биология» (СВ 5017) и «Биология: биоинженерные технологии» (СВ 5163), в магистратуре по программам «Биология» (ВМ 5514), «Биоинформатика» (ВМ 5758) и «Клеточные и генетические технологии» (ВМ 5896), в аспирантуре и докторантуре. 

Регулярные встречи студентов с преподавателями кафедры начинаются с первых же дней обучения в бакалавриате. Кафедра участвует в реализации годичного лекционного курса «Зоология беспозвоночных» с двумя его частями «Protists» (одноклеточные организмы, 1 семестр) и «Metazoa» (многоклеточные, 1-2 семестры). Этот курс сопровождают практические занятия (так называемый «Малый практикум») (1-2 семестры). Для студентов программы «Биология: биоинженерные технологии» проводится курс «Биоразнообразие. Часть 1».

Кафедра также принимает участие в выполнении учебной нагрузки по программам таких направлений как «Почвоведение» Института наук о земле, «Лечебное дело» и «Стоматология» медицинского факультета СПбГУ. Дисциплины, выполняемые для студентов этих направлений, представляют знакомство с биоразнообразием животных и протистов, однако имеют существенную специфику, определяемую областью специализации каждого направления. В первом случае – это курс «Биология почв», во втором – курс паразитологической направленности. В третьем случае – дисциплина, направленная на представление общебиологических закономерностей.

Кафедра проводит летнюю учебную практику по зоологии беспозвоночных для студентов 1 курса разных направлений на Учебно-научной базе «Беломорская» (о. Средний, Белое море) и/или в Старом Петергофе в зависимости от организационных возможностей СПбГУ.

Для студентов старших курсов бакалавриата кафедра реализует серию элективных дисциплин: «Люминесценция и другие феномены биологического свечения» (фоторецепция и биолюминесценция), «Протисты: клетка – организм» (о разнообразии одноклеточных организмов), «Этот многогранный паразитизм (очерки из жизни систем паразит-хозяин)» и другие. Эти курсы в яркой форме дают современное представление о редких или мало изученных группах беспозвоночных, необычных явлениях среди беспозвоночных и об интригующих взаимоотношениях живых существ между собой. 
Для бакалавров, желающих специализироваться по зоологии беспозвоночных, кафедра предлагает 12 спецкурсов, которые читаются в 6-8 семестрах и группируются в три блока. Первый блок курсов знакомит обучающихся с современными методами, применяемыми в научных исследованиях. Второй блок представляет собой серию дисциплин по основам зоологии. Они призваны познакомить студентов с разнообразием групп протистов и многоклеточных животных. Третий блок объединяет концептуальные курсы по ключевым проблемам эволюционной морфологии, эмбриологии, паразитологии и экологии. Кроме «городских» дисциплин студенты проходят специализированную летнюю практику на Учебно-научной базе «Беломорская».
Студенты кафедры выполняют квалификационные работы в одной из более 20 научных групп кафедры, в исследовательских лабораториях институтов РАН или в зарубежных лабораториях. Фундаментальные и практико-ориентированные работы студентов как правило осуществляются в научных группах в рамках проектов, финансово поддержанных Российским научным фондом или другими финансирующими организациями. Однако возможно и выполнение инициативных тем, предлагаемых самими студентами.

Магистратура кафедры реализуется в соответствии с учебным планом основной образовательной программы «Биология», позволяющего формировать индивидуальный план. Кафедра поддерживает специальными курсами блок «Зоология и паразитология», в рамках которого профиля есть возможность пройти дисциплины по паразитологии, эволюционной морфологии, протистологии и морской биологии, т.е. по 4 научным направлениям, традиционно развивающимся на кафедре. Кроме того, студенты могут формировать свой учебный план, используя дисциплины, предлагаемые другими кафедрами факультета. в соответствии со спецификой своей научной работы.
Каждый студент магистратуры составляет индивидуальный учебный план, насыщая его обязательную часть вариативными дисциплинами (за каждый год обучения магистры должны набрать не менее 60 кредитов или зачетных единиц суммарно за все дисциплины и нагрузки). Однако в зависимости от траектории обучения магистру кафедры предлагается набор рекомендованных к прохождению курсов, которые создают основу для формирования фундаментальных представлений.

Необходимо подчеркнуть, что магистранты, осваивающие любую магистерскую программу факультета могут выполнять исследовательскую работу в научных группах кафедры.

Серьезное внимание кафедра уделяет повышению уровня владения английским языком у студентов магистратуры и способности студентов делать доклады на международных конференциях, создавать тексты для публикации в международных журналах.
Студенты магистратуры кафедры вовлекаются в преподавательскую деятельность, участвуя в проведении практических занятий и летней практики у студентов бакалавриата в качестве помощников преподавателя. 

Студенты магистратуры кафедры готовят и защищают магистерские диссертации, которые, как правило, представляют собой серьезные исследования в различных областях биологии и большинстве случаев являются основой для публикаций.

Для студентов аспирантуры кафедра предоставляет руководство и возможности для выполнения кандидатских диссертаций по специальностям 1.5.3. Молекулярная биология, 1.5.8. Математическая биология, биоинформатика, 1.5.12. Зоология, 1.5.15. Экология, 1.5.17. Паразитология, 1.5.22. Клеточная биология., а также для выполнения диссертаций на соискание ученой степени PhD СПбГУ.