Санкт-Петербургский государственный университет — один из ведущих российских научно-исследовательских центров. Сегодня в СПбГУ действует более 15 лабораторий, созданных в рамках Программы мегагрантов Правительства Российской Федерации, а также в результате реализации собственных конкурсных программ. Поддержка научных исследований осуществляется на основе открытого конкурса, под руководством ведущих ученых.

Для проведения исследований доступны самые различные ресурсы, необходимые ученому: оборудование Научного парка СПбГУ, фонды Научной библиотеки имени Горького, репозиторий публикаций преподавателей и научных сотрудников Университета, материалы и наработки Центра прикладных исследований и разработок, ресурсы Ботанического сада, данные Центра региональных исследований, мощности Издательства СПбГУ и возможности участия в издательских конкурсах.

Кроме того, Санкт-Петербургский университет наделен правом проводить защиты диссертаций по собственным правилам и присуждать ученые степени кандидатов и докторов наук, которые признаны государством. Помимо этого, в 2013 году в Университете была восстановлена традиция присуждения собственной ученой степени доктора наук СПбГУ (Ph. D. SPbSU), существовавшая до 1917 года. Процедура защиты максимально открыта и прозрачна. Видеозаписи защит и тексты диссертаций публикуются в Интернете и доступны всем.