Научные интересы:
Функциональная компартментализация клеточного ядра, архитектура генома, организация митотических и мейотических хромосом, хромосомы типа ламповых щеток, ядерные тельца, ядерные домены, транскрипция, функции некодирующей РНК.
Читаемые курсы:
Курс лекций «Функции некодирующей РНК».
Практикум «Структурный и молекулярный анализ биологических систем» для студентов, обучающихся по магистерской программе «Биология клетки».
Лекции по курсу «Архитектура генома и компартментализация клеточного ядра».
Лекции по курсу «Презентация научных данных и искусство подготовки заявки на грант».
Избранные публикации :
Подробнее узнать о публикационной активности научно-педагогического работника Университета можно в системе Pure
- Deryusheva S., Kurganova A., Krasikova A., Saifitdinova A., Habermann F., Gaginskaya E. Precise identification of chicken chromosomes in the lampbrush form using chromosome painting probes // Chromosome Res. 2003. V. 11. P. 749-757.
- Saifitdinova A., Derjusheva S., Krasikova A., Gaginskaya E. Lampbrush chromosomes of the chaffinch (Fringilla coelebs L.) // Chromosome Res. 2003. V. 11. P. 99-113
- Krasikova A., Kulikova T., Saifitdinova A., Derjusheva S., Gaginskaya E. Centromeric protein bodies on avian lampbrush chromosomes contain a protein detectable with an antibody against DNA topoisomerase II // Chromosoma, 2004 V.113. P. 316-323.
- Krasikova A., Barbero J.L., Gaginskaya E. Cohesion proteins are present in centromere protein bodies associated with avian lampbrush chromosomes. Chromosome Research, 2005. V. 13. P. 675-685.
- Krasikova A., Derjusheva S., Galkina S., Kurganova A., Evteev A., Gaginskaya E. On the positions of centromeres in chicken lampbrush chromosomes. Chromosome Research, 2006. V. 14. P. 777-789
- Deryusheva S., Krasikova A., Kulikova T., Gaginskaya E. Tandem 41-bp repeats in chicken and Japanese quail genomes: FISH mapping and transcription analysis on lampbrush chromosomes. Chromosoma, 2007. V. 116(6). P. 519-530
- Gaginskaya E., Kulikova T., Krasikova A. Avian lampbrush chromosomes: a powerful tool for exploration of genome expression. Cytogenetics and Genome Research, «Structure and functions of chromosomes», 2009 V. 124 (3-4). P. 251-267, спец. выпуск “Chromosome Structure and Function”, Ed. by A. Houben.
- Krasikova A., Daks A., Zlotina A., Gaginskaya E. Polymorphic heterochromatic segments in Japanese quail microchromosomes. Cytogenetics and Genome Research, 2009. V. 126. P.148-155, спец. выпуск “Molecular and Evolutionary Cytogenetics of Domestic Animals”, Ed. by Iannuzzi, L., Villagуmez, D.A.F., King, W.A.
- Zlotina A., Galkina S., Krasikova A., Crooijmans R. P.M.A., Groenen M. A.M., Gaginskaya E., Deryusheva S. Precise centromere positioning on chicken chromosome 3. Cytogenet Genome Res, 2010. V. 129 (4). P. 310-313.
- Красикова А.В., Гагинская Е.Р. Организация центромерных районов хромосом на стадии ламповых щеток. Цитология (РАН), 2010. Т. 52 (7). С. 515-533.
- Дакс А.А., Дерюшева С.Е., Красикова А.В., Злотина А.М., Гагинская Е.Р., Галкина С.А. Хромосомы-ламповые щётки японского перепела Coturnix coturnix Japonica: новая версия цитогенетических карт. Генетика (РАН), 2010. Т. 46 (10). С. 1335–1338.
- Krasikova A.V., Vasilevskaya E.V., Gaginskaya E.R. Chicken Lampbrush chromosomes: Transcription of Tandemly Repetitive DNA Sequences. Russian Journal of Genetics, 2010. V. 46 (10). P. 1173–1177.
- Maslova A. V., Krasikova A. V. Spatial Arrangement of Macro-, Midi-, and Microchromosomes in Transcriptionally Active Nuclei of Growing Oocytes in Birds of Order Galliformes. Cell and Tissue Biology. 2011. V. 5, N. 3, P. 281–293.
- Maslova A, Krasikova A. Nuclear actin depolymerization in transcriptionally active avian and amphibian oocytes leads to collapse of intranuclear structures. Nucleus. 2012. V. 3(3) P. 300-311.
- Khodyuchenko T, Gaginskaya E, Krasikova A. Non-canonical Cajal bodies form in the nucleus of late stage avian oocytes lacking functional nucleolus. Histochem Cell Biol. 2012. V. 138(1). P. 57-73.
- Dedukh D, Mazepa G, Shabanov D, Rosanov J, Litvinchuk S, Borkin L, Saifitdinova A, Krasikova A. Cytological maps of lampbrush chromosomes of European water frogs (Pelophylax esculentus complex) from the Eastern Ukraine. BMC Genetics. 2013. V. 14. 26
- Krasikova A, Fukagawa T, Zlotina A. High-resolution mapping and transcriptional activity analysis of chicken centromere sequences on giant lampbrush chromosomes. Chromosome Res. 2012. V. 20 (8). P. 995-1008.
- Krasikova A., Khodyuchenko T, Maslova A, Vasilevskaya E. Three-dimensional organisation of RNA-processing machinery in avian growing oocyte nucleus. Chromosome Res. 2012. V. 20 (8). P. 979-994.
- Zlotina A, Galkina S, Krasikova A, Crooijmans RP, Groenen MA, Gaginskaya E, Deryusheva S. Centromere positions in chicken and Japanese quail chromosomes: de novo centromere formation versus pericentric inversions. Chromosome Res. 2012. V. 20 (8). P. 1017-1032.
- Ходюченко ТА, Красикова АВ. Тельца Кахала и тельца гистонового локуса: молекулярный состав и функции. Онтогенез (изд. Наука). 2014. Т. 45 (6). С. 363–379
- Trofimova I., Popova D., Vasilevskaya E., Krasikova A. Non-coding RNA derived from a conservative subtelomeric tandem repeat in chicken and Japanese quail somatic cells. Molecular Cytogenetics. – 2014. – V. 7:102. – P. 1-13
- Dedukh D., Litvinchuk S., Rosanov J., Mazepa G., Saifitdinova A., Shabanov D., Krasikova A. Optional Endoreplication and Selective Elimination of Parental Genomes during Oogenesis in Diploid and Triploid Hybrid European Water Frogs. PLoS ONE. 2015. V. 10(4).
- Maslova A., Zlotina A., Kosyakova N., Sidorova M., Krasikova A. Three-dimensional architecture of tandem repeats in chicken interphase nucleus. Chromosome Res. 2015. doi:10.1007/s10577-015-9485-5
- Trofimova I., Chervyakova D., Krasikova A. Transcription of subtelomere tandemly repetitive DNA in chicken embryogenesis.Chromosome Res. 2015. doi:10.1007/s10577-015-9487-3
- T. Kulikova, D. Chervyakova, A. Zlotina, A. Krasikova, E. Gaginskaya. Giant poly (A)-rich RNP aggregates form at terminal regions of avian lampbrush chromosomes. Chromosoma. 2015. 1-16 (doi:10.1007/s00412-015-0563-4)
- Zlotina A., Kulikova T., Kosyakova N., Liehr T., Krasikova A. Microdissection of lampbrush chromosomes as an approach for generation of locus-specific FISH-probes and samples for high-throughput sequencing. BMC Genomics. 2016. doi: 10.1186/s12864-016-2437-4.
- A.Zlotina, A. Krasikova. FISH in Lampbrush Chromosomes. In:Fluorescence in situ Hybridization (FISH) – Application Guide, T Liehr (Editor), 2nd Ed., Springer, Berlin, 2017, ISBN: 978-3662529577, pp.445-458.
- I. Trofimova, A. Krasikova. Transcription of highly repetitive tandemly organized DNA in amphibians and birds: a historical overview and modern concepts. RNA Biology, 2016. DOI: 10.1080/15476286.2016.1240142
- Kulikova T., Khodychenko T., Petrov Y., Krasikova A. Low-voltage scanning electron microscopy study of lampbrush chromosomes and nuclear bodies in avian and amphibian oocytes. Scientific Reports, 6, 36878; doi: 10.1038/srep36878 (2016)
- A. V. Krasikova, T. V. Kulikova. Distribution of heterochromatin markers in lampbrush chromosomes in birds. Russian Journal of Genetics 53(9): 1022–1029 (2017)
- D. V. Dedukh, A. V. Krasikova. Methodological Approaches for Studying the European Water Frog Pelophylax esculentus Complex. Russian Journal of Genetics 53(8): 843-850 (2017)
- D. Dedukh, S. Litvinchuk, J. Rosanov, D. Shabanov, A. Krasikova. Mutual maintenance of di- and triploid Pelophylax esculentus hybrids in R-E systems: results from artificial crossings experiments. BMC Evolutionary Biology 17:220 (2017).
- Zlotina A, Dedukh D, Krasikova A. Amphibian and Avian Karyotype Evolution: Insights from Lampbrush Chromosome Studies. Genes (2017). V,8(11).
- Chmielewska, M., Dedukh, D., Haczkiewicz, K., Rozenblut-Kościsty, B., Kaźmierczak, M., Kolenda, K., Serwa, E., Pietras-Lebioda, A., Krasikova, A., Ogielska, M. The programmed DNA elimination and formation of micronuclei in germ line cells of the natural hybridogenetic water frog Pelophylax esculentus. Scientific Reports, 8 (1) 7870 (2018)
- Fishman, V., Battulin, N., Nuriddinov, M., Maslova, A., Zlotina, A., Strunov, A., Chervyakova, D., Korablev, A., Serov, O., Krasikova, A. 3D organization of chicken genome demonstrates evolutionary conservation of topologically associated domains and highlights unique architecture of erythrocytes' chromatin. Nucleic Acids Research. DOI: 10.1093/nar/gky1103 (2018).
- Красикова А.В., Куликова Т.В. Хромосомы типа ламповых щеток: современные представления и перспективы исследований. Изд-во СПбГУ, 2019 г. ISBN 978-5-288-05984-1
- Dedukh, D., Litvinchuk, J., Svinin, A., Litvinchuk, S., Rosanov, J.and Krasikova, A., 2019. Variation in hybridogenetic hybrid emergencebetween populations of water frogs from the Pelophylax esculentus complex. PloS One, 14(11).
- Zlotina, A., Maslova, A., Kosyakova, N., Al-Rikabi, A.B.H., Liehr,T. and Krasikova, A., 2019. Heterochromatic regions in Japanese quail chromosomes: comprehensive molecular-cytogenetic characterization and 3D mapping in interphase nucleus. Chromosome Research, 27(3),pp.253-270.
- Zlotina A., Maslova A., Pavlova O., Kosyakova N., Al-Rikabi A.,Liehr T., Krasikova A., 2020. Insights Into Chromomere Organization Provided by Lampbrush Chromosome Microdissection and High-Throughput Sequencing. Frontiers in Genetics, 11:57
- Kulikova T, Surkova A, Zlotina A, Krasikova A. 2020. Mapping epigenetic modifications on chicken lampbrush chromosomes. Mol Cytogenet,13:32.
- Dedukh D, Riumin S, Chmielewska M, Rozenblut-Koscisty B, Kolenda K, Kazmierczak M, Dudzik A, Ogielska M, Krasikova A. 2020. Micronuclei in germ cells of hybrid frogs from Pelophylax esculentus complex contain gradually eliminated chromosomes. Scientific Reports. 10, 8720
- Dedukh D., Krasikova A., 2021. Delete and survive: strategies of programmed genetic material elimination in eukaryotes. Biological Reviews. doi: 10.1111/brv.12796
- Maslova A., Krasikova A. 2021. FISH going meso-scale: a microscopic search for chromatin domains. Frontiers in Cell and Developmental Biology. 9:753097. doi: 10.3389/fcell.2021.753097
- Dedukh D., Riumin S., Kolenda K., Chmielewska M., Rozenblut-Kościsty B., Kaźmierczak M., Ogielska M., Krasikova A.. 2022. Maintenance of pure hybridogenetic water frog populations: Genotypic variability in progeny of diploid and triploid parents. PLOS ONE 17(7): e0268574
- Kulikova T., Maslova A., Starshova P., Rodriguez Ramos J.S., Krasikova A. 2022. Comparison of the somatic TADs and lampbrush chromomere-loop complexes in transcriptionally active prophase I oocytes. Chromosoma. https://doi.org/10.1007/s00412-022-00780-5
- Nurislamov, A.; Lagunov, T.; Gridina, M.; Krasikova, A.; Fishman, V.Single-cell DNA methylation analysis of chicken lampbrush chromosomes. Int. J. Mol. Sci., 2022, 23, 12601.https://doi.org/10.3390/ijms232012601
- Gridina M., Taskina A., Lagunov T., Nurislamov A., Kulikova T.,Krasikova A., Fishman V. Comparison and critical assessment of single-cell Hi-C protocols. Heliyon, 2022, 8, 10, e11023.https://doi.org/10.1016/j.heliyon.2022.e11023
- Kulikova T, Krasikova A. RNA-FISH—on Lampbrush Chromosomes:Visualization of Individual Transcription Units. Chapter 26 in a Book 'Cytogenetics and Molecular Cytogenetics', 2022. CRC Press, eBook ISBN9781003223658. https://doi.org/10.1201/9781003223658
- Krasikova A, Fishman V, Kulikova T. Lampbrush chromosome studies in the post-genomic era. Bioessays. 2023 Feb 28:e2200250. doi: 10.1002/bies.202200250
- Maslova A, Plotnikov V, Nuriddinov M, Gridina M, Fishman V, Krasikova A. Hi-C analysis of genomic contacts revealed karyotype abnormalities in chicken HD3 cell line. BMC Genomics. 2023 Feb 7;24(1):66. doi:10.1186/s12864-023-09158-y
- Krasikova, A., Kulikova, T., Rodriguez Ramos, J.S. et al. Assignment of the somatic A/B compartments to chromatin domains in giant transcriptionally active lampbrush chromosomes. Epigenetics & Chromatin 16, 24 (2023). https://doi.org/10.1186/s13072-023-00499-2
- Dedukh D., Maslova A., Al-Rikabi A., Padutsch N., Liehr T., Krasikova A. Karyotypes of water frogs from the Pelophylax esculentus complex: results of cross-species chromosomal painting. Chromosoma (2023). DOI:10.1007/s00412-023-00812-8
- A. Krasikova, T. Kulikova, M. Schelkunov, N. Makarova, A. Fedotova, V. Plotnikov, V. Berngardt, A. Maslova, A. Fedorov. The first chicken oocyte nucleus whole transcriptomic profile defines the spectrum of maternal mRNA and non-coding RNA genes transcribed by the lampbrush chromosomes, Nucleic Acids Research, 2024, gkae941, https://doi.org/10.1093/nar/gkae941
Научно-популярные материалы
Эти удивительные хромосомы
Подготовка успешной заявки на грант (Статья на сайте ПостНаука)
Научный аппетит приходит во время учебы
Передача "Матрица Науки телеканала Санкт-Петербург
Лекция "Хромосомы типа ламповых щеток в свете геномики
Лекция "Не только генетический код: Функции некодирующей белки РНК
Видео-абстракт 'Lampbrush chromosome studies in the post-genomic era' BioEssays
«Ламповые щетки» наработали более 13 тысяч вариантов РНК для развития зародыша курицы
Награды:
2009 год - победа в конкурсе грантов Президента Российской Федерации
2010 год - премия Правительства Санкт-Петербурга в области научно-педагогической деятельности
2011 год - победа в конкурсе на соискание национальных стипендий Л’ОРЕАЛЬ–ЮНЕСКО при участии РАН "Для женщин в науке"
2011 год - премия и медаль лауреата XVIII конкурса Европейской Академии для молодых ученых России
2014 год - победа в конкурсе грантов Президента Российской Федерации
2015 год - Премия им. Л.Эйлера за выдающиеся научные результаты в области естественных и технических наук Правительства Санкт-Петербурга и Санкт-Петербургского научного центра РАН
2016 год - премия СПбГУ «За вклад в науку молодых исследователей»
2017 год - благодарность Министерства образования и науки РФ
Выпускники
ВКР бакалавра:
Василевская Елена Владимировна, "Структуры, содержащие факторы процессинга информационной РНК, в растущих ооцитах птиц", 2008г.
Штомпель Анастасия Сергеевна, "Трехмерная архитектура топологически-ассоциированных доменов в соматических клетках курицы: визуализация методом FISH", 2020г.
Хуан Себастьян Родригес Рамос, "Сопоставление соматических А/В-компартментов хроматина и хромомеров мейотических хромосом типа ламповых щеток птиц", 2022 г., работа отмечена как лучшая выпускная работа кафедры цитологии и гистологии
Владимир Плотников "Выявление хромосомных перестроек в линии эритробластов курицы HD3 методами Hi-C и FISH", 2023 г.
Валерия Бернгардт "Примеры генов, транскрибируемых на латеральных петлях хромосом типа ламповых щеток домашней курицы", 2023 г.
Диана Валевская "Анализ доменов хроматина при эритроидной дифференцировке курицы методом FISH-визуализации", 2024 г.
Магистерские диссертации:
Ходюченко Татьяна Александровна, "Идентификация телец Кахала в ядрах ооцитов голубя сизого (Columba livia)" 2009 г; диплом I степени и премия на конкурсе магистерских диссертаций и дипломных работ Санкт-Петербургского Общества Естествоиспытателей 2009 г.
Дедух Дмитрий Викторович, "Изучение гибридогенного комплекса зеленых лягушек Pelophylax esculentus complex с использованием цитогенетического анализа ооцитов", 2012 г.
Попова Дарья Александровна, "Транскрипционная активность субтеломерного тандемного повтора ДНК в соматических клетках домашней курицы (Gallus gallus domesticus)" 2013 г; диплом I степени и премия на конкурсе магистерских диссертаций и дипломных работ Санкт-Петербургского Общества Естествоиспытателей, 2013 г.
Литвинчук Юлия Спартаковна, "Элиминация и эндорепликация генома у гибридных лягушек комплекса Pelophylax esculentus в популяционных системах европейской части России", 2017 г.
Суркова Анна Юрьевна, "Характеристика хромомеров хромосом типа ламповых щеток домашней курицы", 2018 г., лучшая выпускная работа кафедры цитологии и гистологии.
Старшова Полина Андреевна, "Картирование топологически ассоциированных доменов на хромосомах типа ламповых щеток домашней курицы", 2019 г., работа отмечена как лучшая выпускная работа кафедры цитологии и гистологии.
Кандидатские диссертации:
Дедух Дмитрий Викторович, «Элиминация и эндорепликация геномов в ходе гаметогенеза у межвидовых гибридных лягушек комплекса Pelophylax esculentus», 2017 г.
Ходюченко Татьяна Александровна, "Коилин-содержащие тельца в ядрах растущих ооцитов голубя сизого (Columba livia)", 2013 г.
Организационная деятельность:
Зам. руководителя работ по ГК № 02.552.11.7044 "Обеспечение центром коллективного пользования научным оборудованием комплексных исследований надмолекулярной организации, регуляции и функционирования геномов и других клеточных систем" 2008-2009 гг.
С 2011г. по 2017г. - член научной комиссии Биологического факультета СПбГУ
С 2014 г по настоящее время - член редакционной коллегии журнала Biological Communications
С 2017 г по настоящее время - заместитель главного редактора журнала Biological Communications
С 2013г. по 2017г. - председатель Совета молодых ученых СПбГУ
С 2015г. по 2017г. - член молодежной секции Совета по науке при Министерстве образования и науки РФ
Член Европейской Ассоциации Цитогенетиков
С 2021г. по настоящее время - член редакционной коллегии журнала Frontiers in Molecular Biosciences |
