|
Krasikova A, Khodyuchenko T, Maslova A, Vasilevskaya E. Three-dimensional organisation of RNA-processing machinery in avian growing oocyte nucleus. Chromosome Res. – 2012. – DOI: 10.1007/s10577-012-9327-7
Zlotina A, Galkina S, Krasikova A, Crooijmans RP, Groenen MA, Gaginskaya E, Deryusheva S. Centromere positions in chicken and Japanese quail chromosomes: de novo centromere formation versus pericentric inversions. Chromosome Res. 2012. V. 20 (8). P. 1017-1032
Dedukh D, Mazepa G, Shabanov D, Rosanov J, Litvinchuk S, Borkin L, Saifitdinova A, Krasikova A. Cytological maps of lampbrush chromosomes of European water frogs (Pelophylax esculentus complex) from the Eastern Ukraine. BMC Genetics. 2013. V. 14. 26
Ходюченко ТА, Красикова АВ. Тельца Кахала и тельца гистонового локуса: молекулярный состав и функции. Онтогенез (изд. Наука). 2014. Т. 45 (6). С. 363–379
Trofimova I., Popova D., Vasilevskaya E., Krasikova A. Non-coding RNA derived from a conservative subtelomeric tandem repeat in chicken and Japanese quail somatic cells. Molecular Cytogenetics. – 2014. – V. 7:102. – P. 1-13
Dedukh D., Litvinchuk S., Rosanov J., Mazepa G., Saifitdinova A., Shabanov D., Krasikova A. Optional Endoreplication and Selective Elimination of Parental Genomes during Oogenesis in Diploid and Triploid Hybrid European Water Frogs. PLoS One. 2015. V. 10(4): e0123304
Maslova A., Zlotina A., Kosyakova N., Sidorova M., Krasikova A. Three-dimensional architecture of tandem repeats in chicken interphase
nucleus. Chromosome Res. 2015. doi:10.1007/s10577-015-9485-5
Trofimova I., Chervyakova D., Krasikova A. Transcription of subtelomere tandemly repetitive DNA in chicken embryogenesis.Chromosome Res. 2015. doi:10.1007/s10577-015-9487-3
T. Kulikova, D. Chervyakova, A. Zlotina, A. Krasikova, E. Gaginskaya. Giant poly (A)-rich RNP aggregates form at terminal regions of avian
lampbrush chromosomes. Chromosoma. 2015. 1-16 (doi:10.1007/s00412-015-0563-4)
Zlotina A., Kulikova T., Kosyakova N., Liehr T., Krasikova A. Microdissection of lampbrush chromosomes as an approach for generation
of locus-specific FISH-probes and samples for high-throughput sequencing. BMC Genomics. 2016. doi: 10.1186/s12864-016-2437-4
A.Zlotina, A. Krasikova. FISH in Lampbrush Chromosomes. In:Fluorescence in situ Hybridization (FISH) – Application Guide, T Liehr (Editor), 2nd Ed., Springer, Berlin, 2017, ISBN: 978-3662529577, pp.445-458.
I. Trofimova, A. Krasikova. Transcription of highly repetitive tandemly organized DNA in amphibians and birds: a historical overview and modern concepts. RNA Biology, 2016. DOI: 10.1080/15476286.2016.1240142
Kulikova T., Khodychenko T., Petrov Y., Krasikova A. Low-voltage scanning electron microscopy study of lampbrush chromosomes and nuclear bodies in avian and amphibian oocytes. Scientific Reports, 6, 36878; doi: 10.1038/srep36878 (2016)
Zlotina A, Dedukh D, Krasikova A. Amphibian and Avian Karyotype Evolution: Insights from Lampbrush Chromosome Studies. Genes (2017). V,8(11).
D. Dedukh, S. Litvinchuk, J. Rosanov, D. Shabanov, A. Krasikova. Mutual maintenance of di- and triploid Pelophylax esculentus hybrids in R-E systems: results from artificial crossings experiments. BMC Evolutionary Biology 17:220 (2017).
D. V. Dedukh, A. V. Krasikova. Methodological Approaches for Studying the European Water Frog Pelophylax esculentus Complex. Russian Journal of Genetics 53(8): 843-850 (2017)
A. V. Krasikova, T. V. Kulikova. Distribution of heterochromatin markers in lampbrush chromosomes in birds. Russian Journal of Genetics 53(9): 1022–1029 (2017)
Chmielewska, M., Dedukh, D., Haczkiewicz, K., Rozenblut-Kościsty, B., Kaźmierczak, M., Kolenda, K., Serwa, E., Pietras-Lebioda, A.,
Krasikova, A., Ogielska, M. The programmed DNA elimination and formation of micronuclei in germ line cells of the natural hybridogenetic water frog Pelophylax esculentus. Scientific Reports, 8 (1) 7870 (2018)
Fishman, V., Battulin, N., Nuriddinov, M., Maslova, A., Zlotina, A., Strunov, A., Chervyakova, D., Korablev, A., Serov, O., Krasikova, A. 3D organization of chicken genome demonstrates evolutionary conservation of topologically associated domains and highlights unique architecture of erythrocytes' chromatin. Nucleic Acids Research. DOI: 10.1093/nar/gky1103 (2018)
|
Красикова А.В., Куликова Т.В. Хромосомы типа ламповых щеток: современные представления и перспективы исследований. Изд-во СПбГУ, 2019 г. ISBN 978-5-288-05984-1
Dedukh, D., Litvinchuk, J., Svinin, A., Litvinchuk, S., Rosanov, J.and Krasikova, A., 2019. Variation in hybridogenetic hybrid emergencebetween populations of water frogs from the Pelophylax esculentus complex. PloS One, 14(11).
Zlotina, A., Maslova, A., Kosyakova, N., Al-Rikabi, A.B.H., Liehr,T. and Krasikova, A., 2019. Heterochromatic regions in Japanese quail chromosomes: comprehensive molecular-cytogenetic characterization and 3D mapping in interphase nucleus. Chromosome Research, 27(3),pp.253-270.
Zlotina A., Maslova A., Pavlova O., Kosyakova N., Al-Rikabi A.,Liehr T., Krasikova A., 2020. Insights Into Chromomere Organization Provided by Lampbrush Chromosome Microdissection and High-Throughput Sequencing. Frontiers in Genetics, 11:57
Dedukh D, Riumin S, Chmielewska M, Rozenblut-Koscisty B, Kolenda K, Kazmierczak M, Dudzik A, Ogielska M, Krasikova A. 2020. Micronuclei in germ cells of hybrid frogs from Pelophylax esculentus complex contain gradually eliminated chromosomes. Scientific Reports. 10, 8720
Dedukh D., Krasikova A., 2021. Delete and survive: strategies of programmed genetic material elimination in eukaryotes. Biological Reviews. doi: 10.1111/brv.12796
Maslova A., Krasikova A.. 2021. FISH going meso-scale: a microscopic search for chromatin domains. Frontiers in Cell and Developmental Biology. 9:753097. doi: 10.3389/fcell.2021.753097
Dedukh D., Riumin S., Kolenda K., Chmielewska M., Rozenblut-Kościsty B., Kaźmierczak M., Ogielska M., Krasikova A.. 2022. Maintenance of pure hybridogenetic water frog populations: Genotypic variability in progeny of diploid and triploid parents. PLOS ONE 17(7): e0268574
Kulikova T., Maslova A., Starshova P., Rodriguez Ramos J.S., Krasikova A. 2022. Comparison of the somatic TADs and lampbrush chromomere-loop complexes in transcriptionally active prophase I oocytes. Chromosoma. https://doi.org/10.1007/s00412-022-00780-5
Nurislamov, A.; Lagunov, T.; Gridina, M.; Krasikova, A.; Fishman, V.Single-cell DNA methylation analysis of chicken lampbrush chromosomes. Int. J. Mol. Sci., 2022, 23, 12601.https://doi.org/10.3390/ijms232012601
Gridina M., Taskina A., Lagunov T., Nurislamov A., Kulikova T.,Krasikova A., Fishman V. Comparison and critical assessment of single-cell Hi-C protocols. Heliyon, 2022, 8, 10, e11023.https://doi.org/10.1016/j.heliyon.2022.e11023
Kulikova T, Krasikova A. RNA-FISH—on Lampbrush Chromosomes:Visualization of Individual Transcription Units. Chapter 26 in a Book 'Cytogenetics and Molecular Cytogenetics', 2022. CRC Press, eBook ISBN9781003223658. https://doi.org/10.1201/9781003223658
Krasikova A, Fishman V, Kulikova T. Lampbrush chromosome studies in the post-genomic era. Bioessays. 2023 Feb 28:e2200250. doi: 10.1002/bies.202200250
Maslova A, Plotnikov V, Nuriddinov M, Gridina M, Fishman V, Krasikova A. Hi-C analysis of genomic contacts revealed karyotype abnormalities in chicken HD3 cell line. BMC Genomics. 2023 Feb 7;24(1):66. doi:10.1186/s12864-023-09158-y
Krasikova, A., Kulikova, T., Rodriguez Ramos, J.S. et al. Assignment of the somatic A/B compartments to chromatin domains in giant transcriptionally active lampbrush chromosomes. Epigenetics & Chromatin 16, 24 (2023). https://doi.org/10.1186/s13072-023-00499-2
Dedukh D., Maslova A., Al-Rikabi A., Padutsch N., Liehr T., Krasikova A. Karyotypes of water frogs from the Pelophylax esculentus complex: results of cross-species chromosomal painting. Chromosoma (2023). DOI:10.1007/s00412-023-00812-8
A. Krasikova, T. Kulikova, M. Schelkunov, N. Makarova, A. Fedotova, V. Plotnikov, V. Berngardt, A. Maslova, A. Fedorov. The first chicken oocyte nucleus whole transcriptomic profile defines the spectrum of maternal mRNA and non-coding RNA genes transcribed by the lampbrush chromosomes, Nucleic Acids Research, 2024, gkae941, https://doi.org/10.1093/nar/gkae941
|  |
Текущие гранты научных фондов
Гранты РНФ «Проведение исследований на базе существующей научной инфраструктуры мирового уровня»:
2019 – 2022 г.г. – «Топологически-ассоциированные домены хроматина и А/В-компартменты в геноме курицы: идентификация и визуализация с помощью технологии HiC и микроскопии сверхвысокого разрешения» (№ 19-74-20075), руководитель - А.В. Красикова.
Гранты РНФ «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований с участием ведущих ученых»
2020 – 2022 г.г. – «Структура, функции и эволюция мейотических хромосом птиц» (№ 20-64-46021), руководитель - А.А. Торгашева, приглашенный ведущий ученый - А.В. Красикова
Гранты РНФ «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований отдельными научными группами»:
2014 – 2016 г.г. – «Некодирующие РНК доместицированных видов птиц отряда Galliformes: идентификация, локализация и функциональный анализ» (№ 14-14-00131), руководитель - А.В. Красикова.
2018 - 2020 г.г. - «Механизмы воспроизводства и поддержания межвидовых гибридов комплекса P. esculentus в естественных и антропогенных местообитаниях» (№ 18-74-00115), руководитель - Д.В. Дедух
2020 – 2022 г.г. – «Механизм избирательной элиминации одного из родительских геномов в гаметогенезе межвидовых гибридов комплекса зеленых лягушек» (№ 20-74-00030), руководитель - Д.В. Дедух
Гранты Президента РФ:
2014 – 2015 г.г. – «Механизмы поддержания архитектуры генома в интерфазном ядре: роль высокоповторяющихся последовательностей ДНК и их некодирующих белки транскриптов» (№ МК-3609.2014.4), руководитель - А.В. Красикова.
2017 - 2018 - «Исследование природы хромомеров с использованием механической микродиссекции гигантских хромосом из растущих ооцитов» (№ МК-1630.2017.4) - руководитель А.М. Злотина
2022 - 2023 - «Хромосомы типа ламповых щеток Danio rerio в свете геномики» (№МК-3553.2022.1.4) - руководитель Д.В. Дедух
Гранты Программы РФФИ:
2015 – 2016 гг. – «Преодоление репродуктивных барьеров у межвидовых гибридов: эндоредупликация и избирательная элиминация родительских геномов в ходе гаметогенеза» № 15-34-21020 мол_а_вед, руководитель - А.В. Красикова.
2018 - 2019 г.г. - «Видообразование в действии: возникновение и воспроизводство межвидовых гибридов из комплекса зеленых лягушек Pelophylax esculentus в различных типах популяционных систем» (№ 1.15.286.2018), руководитель - Д.В. Дедух
2019 г. - На издание лучших научных трудов «Хромосомы типа ламповых щёток: современные представления и перспективы исследований», (№ 19-14-00024), руководитель - А.В. Красикова
Гранты для кадровой поддержки научных исследований, проводимых под руководством ведущих ученых СПбГУ 2013-2015 гг.:
2013 – 2015 г.г. – «Механизмы регуляции и значение транскрипции сателлитных повторов ДНК в соматических и половых клетках у доместицированных видов птиц». № 1.50.1618.2013, руководитель - А.В. Красикова.
Гранты Комитета по науке и высшей школе города Санкт-Петербурга
2024 г. – Грант для студентов вузов, расположенных на территории Санкт-Петербурга, на тему «Разработка методики FISH-картирования вновь синтезируемой РНК индивидуальных генов на хромосомах с помощью зондов на основе ПЦР-продуктов». Исполнитель проекта: В.А. Плотников; научный руководитель исполнителя: А.В. Красикова.
НИР из средств бюджета СПбГУ:
«Функциональная компартментализация ядра в растущем ооците: механизмы формирования внутриядерных доменов» (№1.38.66.2011)
«Спектр последовательностей, транскрибируемых на хромосомах типа ламповых щеток птиц» (№ INI_2024)
Специальная ректорская стипендия для обучающихся в аспирантуре СПбГУ:
2014 – 2015 г.г. – Дедух Дмитрий Викторович.
|
