Кафедра была организована в 1948 году. Первым заведующим кафедрой был профессор Борис Петрович Токин. Многолетние сравнительно- эмбриологические исследования, связаны с деятельностью выдающегося сравнительно- эволюционного эмбриолога, лауреата учрежденной Президиумом АН СССР премии имени А.О.Ковалевского - О.М.Ивановой-Казас, автора шеститомной сводки "Сравнительная эмбриология беспозвоночных животных" (1975-1981) и первой в отечественной литературе сводки "Бесполое размножение" (1976). Большое значение имела серия исследований Н.С.Габаевой и ее учеников по сравнительной гистологии и гистогенезу фолликулярных эпителиев.

После смерти Б.П.Токина (1984) кафедрой заведовала профессор Г.П.Короткова - ближайший друг, сподвижник и соавтор ряда работ Б.П.Токина. Г.П.Коротковой принадлежат оригинальные гипотезы о закономерностях эволюции онтогенеза, изложенные в упомянутых выше научно-теоретических монографиях. В конце 1987г. на должность заведующего кафедрой был избран А.К.Дондуа,   который   вместе  со  своими

коллегами по лаборатории экспериментальной цитологии (эмбриологии) в Биологическом институте Ленинградского университета, исследовал закономерности становления клеточных циклов в онтогенезе животных, взаимосвязи процессов пролиферации и дифференциации. А.К.Дондуа были также инициированы на кафедре исследования экспрессии кластерных Нох-генов у полихет, которые успешно продолжаются доцентом Т.Ф.Андреевой с сотрудниками и доцентом Р.П.Костюченко. В 1999г. на должность заведующего кафедрой эмбриологии был избран А.П.Перевозчиков. Профессор А.П.Перевозчиков (совместно с сотрудниками кафедры С.В.Орловым, И.А.Лапиковым) изучает вопросы, связанные с транспортом липидов в раннем эмбриогенезе млекопитающих, а также исследует в сравнительном аспекте у позвоночных животных экспрессию генов, контролирующих обмен и транспорт липидов и их связь со стероидогенезом и другими важными для эмбрионального развития процессами.